新冠肺炎疫情发生后，深圳市跨境电子商务协会紧急发布疫情防控工作方案，向1800余家会员单位呼吁，认真落实各项工作安排。副会长单位4PX递四方快速组织和调配，从1月30日起，开通免费向武汉地区运送救援物资的绿色通道。纵腾集团捐赠20万只口罩并开通海外捐赠物资物流通道，凌顺物流开启涉武汉急缺防护物资提供全球快递进口免运费，永州八达通免费提供海外物资通关服务、美国及香港仓库仓储服务。

截至目前，深圳市跨境电子商务协会协助基金会等慈善组织采购了140万元左右的防护物资，协助陕西省、天津市、河南省、山西省、四川省和深圳市政府部门采买了一批又一批的医用防护口罩和防护服等紧缺物资。当海内外医疗防护用品货源呈现严重紧缺状态时，为避免因流程繁琐而导致货源被抢断，深圳市跨境电子商务协会更是紧急呼吁，发动行业人员筹集借款用于锁定的防护用品货源。

2月7日，满载 280万只欧标FFP2医用口罩的包机从南非顺利落地广州白云机场，并完成了所有清关手续。这批紧急运抵的医用口罩，从寻找货源、核实供方资质和商品质量、申请包机到外汇购汇付款，深跨协人的身影无处不在，履职尽责，积极沟通协调各种困难。付款材料出现问题，款项被退回，货物随时可能被抢走。协会广泛利用各种渠道和资源，向南非华人商会发出求助。当地华人同胞们立即回应，在工厂不眠不休、彻夜守候，直到第二天全款到位，开始装货。

受疫情影响，南非国际航班升级了对国际航班检验检疫级别，而且从南非飞往中国的飞机返回时需停在军用机场，其机组人员全部隔离14天。包机价格飞涨、无人执飞又成为了协会的一大难题。为确保这批救灾物资顺利运送回国，市跨境电子商务协会积极协调有关政府部门，从市商务局到市外办到省外办到外交部，再到中国驻南非大使馆，接收到回函仅用了不到一天的时间。